鱼类生物学方法,第二版
第三章:Fishomics:遗传学、基因组学和转录组的鱼
美国伊丽莎白改变
doi:https://doi.org/10.47886/9781934874615.ch3
改变,s . e . 2022。Fishomics:遗传学、基因组学和转录组的鱼类。43 - 86页在中途,c . Hasler)和p . Chakrabarty编辑器。鱼类生物学方法,2nd版。马里兰州贝塞斯达美BOB国际体育国渔业协会。
因为第一版鱼类生物学方法于1990年出版,鱼类遗传学领域的飞速发展显著改变了基因组测序和编辑技术。这种转型导致突破我们理解鱼类和更深的知识的进化和生态基因组之间的关系和现象学。Braasch et al。(2015)有特点的革命作为一个“基因组海啸”和其他数据雪崩,消防带,或雨淋;无论首选的比喻,很明显,我们现在能够解决问题在鱼类生物学将在1990年已经达到的。仅在过去的十年里,提高大规模并行测序(议员;也称为高通量测序或下一代测序技术)和其他技术导致发现硬骨鱼类的功能基因组学、分子进化、分类学和系统发生学,基因组结构。例如,使用新方法基因组学、转录组,和基因编辑,鱼类生物学家可以询问基因决定性状的遗传基础(例如,麦高夫et al . 2014;Varshney et al . 2016);评估环境压力对全基因组基因表达的影响(Ao et al . 2015;里德et al . 2016);检索信息的整个鱼社区从水样(Hanfling et al . 2016;端口et al . 2016);研究大规模基因组结构的影响在鱼进化(Chalopin et al . 2015;Cortesi et al . 2015;Tørresen et al . 2018);提高理解物种的丧失和栖息地的改变的影响(例如,海洋酸化; Taranger et al. 2015; Arthington et al. 2016; Ottinger et al. 2016); and much more. As fishes represent the most speciose group of vertebrates, fish genomes can yield incredible insights into the evolutionary history of vertebrate genomes (Posthlethwait et al. 2000; Jaillon et al. 2004; Kasahara et al. 2007; Chalopin et al. 2015). In addition, because up to 70% of genes involved in human disease have homologues in teleost fishes (Howe et al. 2013), fish genomes have proven highly valuable as models for human health and translational genetics. For example, advanced genomic knowledge in fishes such as the Zebrafish鲐鱼类已被用于识别癌症基因(例如,Ceol et al . 2011年)。