2017年初，美国最高法院同意解决哪个联邦法院应该审理对环境保护局2015年有争议的美国水域(WOTUS)规则的挑战的管辖权争论。该规则试图澄清《清洁水法》中“通航水域”的定义。本月早些时候，美国最高法院听取了下级法院与美国最高法院之间的辩论。联邦上诉法院或地区法院将处理对该规则的挑战。

奥巴马政府最终敲定这项规定后，联邦诉讼接踵而至。31个州、许多地方政府和私营企业在第六巡回上诉法院对美国环保署和陆军工程兵团提起诉讼，声称该规则违宪地扩大了CWA的范围，并滥用了大法官安东尼·肯尼迪(Anthony Kennedy)在2006年提出的“重大联系”(significant connections)意见Rapanos)的情况。

湿地和水科学家积极参与淡水和河口水域的研究和教学法庭之友的简要支持《清洁水条例》该摘要通过描述湿地、溪流和邻近水域如何显著影响传统通航水域、州际水域和领海的化学、物理和生物完整性，为该规则提供了科学支持。这份简报得到了AFS和其他六个科学学会的认可。

最高法院对管辖权问题的裁决将决定对未来《清洁水法》规则的挑战在哪里发挥作用。法院的选择还会影响到就诉讼的是非曲径进行诉讼所需的资源，规定提起诉讼的诉讼时效，并有助于确定诉讼是否可以在随后的民事或刑事诉讼中受到质疑。尽管特朗普政府努力废除WOTUS规则，但这一问题很可能再次发生。特朗普政府已表示，计划在年底前用符合斯卡利亚大法官对《宪法》中“通航水域”的解释的规则取代这一规则Rapanos)维这一举动让环保组织准备就一项规则展开新的法律斗争，许多人担心这一规则将逆转对湿地和源头溪流的保护。

AFS及其在水生科学学会联盟(CASS)的合作伙伴将继续与特朗普政府合作，推动废除和取代《清洁水规则》，以确保湿地和水源溪流的价值得到考虑。11月27日之前，将就拟议的替换方案发表意见。